随着中国高等教育体制的改革，2000年4月原复旦大学与原上海医科大学合并，成立新的复旦大学，于2001年7月27日成立复旦大学医学院，现更名为复旦大学上海医学院。学院依托综合性、研究型大学的学科优势，遵循临床与基础结合的方针，加强拓展与相关专业的交叉融合，以学科建设为根、以人才梯队建设为本，旨在培养具有科学基础宽厚、专业技能扎实、创新能力强、发展潜力大的高级医学人才。

        为创办综合性大学的一流医学院，促进基础医学和临床医学的结合，加快医学学科建设，由上海医学院的领导和学校附属医院的院长组成上海医学院院务委员会，是学院的咨询决策机构。在教学管理架构上设有27个系。在行政管理架构上设有党委办公室、院长办公室、学科建设办公室、教学管理办公室、科研管理办公室、研究生教育办公室和本科生工作组、研究生工作组八个职能部门，负责管理和协调学院各方面的工作。