王存字正仲,润州丹阳人.从小喜欢读书,十二岁时,辞别亲人去江西跟从老师学习,五年才回来.当时的学者正崇尚雕琢文字,他独自做了几十篇古文,乡老先生看了,自以为不如他. 　　庆历六年,考中进士,调任嘉兴主簿,擢升上虞县令.豪族杀人,很久没有人敢过问这件事,王存来到后,以地方官吏收受贿赂为由查办,豪族贿赂其他官员改变他的案子,王存反而因为这件事被罢免离去.治平年间,进入国子监担任直讲.王存原先与王安石关系很好,王安石执政时,多次请王存来谈论政事,意见不合,王存就推辞不再前往. 　　元丰元年,宋神宗通过观察觉得王存忠直诚实不参与结党,让他担任国史编修官,修起居注.当时修起居注的官员虽然每日陪侍在皇帝的左右,如要上奏事宜必须禀报中书等候皇帝旨意.王存请求恢复唐贞观时左右史执笔跟随宰相进殿的旧例,神宗认为王存的建议有道理,允许直接在殿前上奏事宜,这是从王存开始的.元丰五年,升任龙图阁直学士,任开封知府.京城沿汴河居住的人家,偷挖汴河大堤来扩大住地,有人请求命令他们修筑大堤恢复原貌,又按照民房侵占官道的规定让他们撤离.这两个计谋出自宦官,已有诏令.王存说：“这是我的职责.”入朝上奏这件事.即日解除了劳役,京城的人欢呼庆贺.有人建议废除对京城内保甲的训练,王存说：“如今京师士兵逐渐减少,再废除保甲不加训练,不是国家的根本久长之计.而且先帝不怕艰难做这件事,既已就绪,无故废除不行,不可.”黄河决口而北流几十年,水官议论还归故道,王存争辨说：“故道地势已经很高,水的本性是向下流的,改回故道白白浪费财力,恐怕无法成功.”最终停止了这件事.蔡确写诗发牢骚表示不满,王存与范纯仁想减轻他的罪过,蔡确被贬新州,王存也被罢免,以端明殿学士的职衔任蔡州知府.一年多后,任资政殿学士、扬州知府.扬州和润州一水之隔,采用以前宰相的旧例,能够过年时回家上坟,王存拿出赏钱发给邻里乡亲,又准备酒食召会父老,亲自和他们敬酒应酬,乡党传为美谈. 　　征召为吏部尚书.当时朝廷朋党之论逐渐激烈,王存对哲宗说：“人臣朋比为党,确实不可助长,然而有时不加细察,就会滥及好人.庆历年间,有人指责韩琦、富弼、范仲淹、欧阳修结为朋党,仰赖仁宗的圣明,没有被迷惑.现在有进言这种说法的,希望陛下审察.”因此又与当时掌权的人相违背,除知大名府,改任杭州知府. 　　王存生性宽厚,日常生活恭敬谨慎,不做欺诈过分的事,对于他的职守,坚持职守不可改变.司马光曾说：“在万马奔腾中能够停住脚步的人,大概就是王存了!”